生物技術相關查詢工具篇

  •    
  • 5 個月 ago
  •    
  • 98 Views
  •    
  • 2 0
常用的生物技術工具

工欲善其事,必先利其器,這次介紹一些經常被使用的生物技術相關工具。

當一開始進實驗室時,老師都會要大家用NCBI查期刊。

NCBI是National Center for Biotechnology Information (美國國家生物技術資訊中心)的縮寫,實際上除了期刊查詢外,另一個常用的功能就是DNA序列的相似度比對,定序後的結果與預期序列比較看是否有DNA點突變的問題。

還有一個方便的功能就是核酸查詢,可以用來查詢特定基因的序列。

期刊搜尋

序列比對

核酸查詢

如果只是單純要找期刊,google的學術搜尋遠比NCBI的資料庫還要來得方便,最大的好處是可以直接擷取引用的參考文獻,並且準備了常見的3種格式,另外一個好處是google的學術搜尋可以建立自己的資料庫,將有興趣的文章連結收藏到我的圖書館,另外如果有自己發paper也能設定自己的學術檔案讓其他人更好進行搜尋。

google學術搜尋

常常會遇到的一個問題就是期刊需要付費,如果不是在大學或學術單位常常會看到文章只能看摘要的部分,此時請搜尋神秘關鍵字,Sci-Hub,由作者另外提供PDF檔存放的學術資料庫。

如果要深入去解讀基因圖譜,那就不得不提到另一個網站,UCSC了。University of California, Santa Cruz (聖塔克魯茲加利福尼亞大學) 所創建的基因組瀏覽器,可以查詢不同物種的基因圖譜,除了人類與大鼠小鼠外,也提供了斑馬魚、果蠅、蠕蟲、酵母菌等基因圖譜。對於查詢特定基因的結構十分便利。

UCSC Genome Browser on Human Dec. 2013 (GRCh38/hg38) Assembly

到這邊就會出現一個新的問題,有了資料庫我們要如何創建一個自己預測的DNA序列圖方便比對呢?總不能用word慢慢比,這時候我們就需要一個方便的載體設計軟體,也就是SnapGene。這個軟體除了提供大量已知的載體以外也能自己設計序列,跟早期的Vector NTI十分相似。

The Future of Cloning is Smarter and Faster

其他如統計作圖工具則有許多不同的選擇,除了傳統的Excel以外,過去個人愛用Graphpad prism 進行實驗數據的作圖,統計軟體則使用大多研究生常使用的SPSS進行T-test以及one way ANOVA的分析。

當然若有程式知識R語言可作的事情更多更複雜。

Graphpad prism

一個會被忽略的問題則是Primer的設計方式,除了上述的SnapGene會自動顯示Tm值(PCR時的黏合溫度)做為參考外,也可以使用LightCycler Probe Design Software,由羅氏開發的primer設計軟體,可以很簡單的就設計出如qPCR需要的primer,此外NCBI也有提供primer blast的功能,與資料庫比對更為精準,缺點是所花費的時間較長。

LightCycler Probe Design Software 2.0

Primer Blast

以上就是分子生物技術經常被使用的工具,使用這些工具可以讓設計實驗的過程更加順利,減少研究時間的浪費。

發佈留言

發佈留言必須填寫的電子郵件地址不會公開。 必填欄位標示為 *